A primeira Empresa Júnior (EJ) surgiu em 1967, na França. Fundada por estudantes de graduação com o objetivo de aplicar os conhecimento obtidos em sala de aula e proporcionar uma experiência de realidade empresarial. Logo a ideia se propagou por outros países da Europa até chegar ao Brasil, em 1987, deixando de ser apenas uma ideia e caracterizando-se como um dos maiores movimentos empreendedores do mundo.
A missão do Movimento Empresa Júnior também evoluiu com a sua expansão, ganhando um fim mais nobre do que apenas aplicar os conhecimentos, passando a formar pessoas capazes de transformar a sociedade através do empreendedorismo.
Hoje, o Brasil é o país com o maior número de EJs, aproximadamente 1.200 empresas juniores, envolvendo cerca de 27.000 estudantes que realizam mais de 2.000 projetos por ano. Essas EJs se organizam em nível nacional (Confederação), estadual (Federações) e local (Núcleos).
Normalmente, o ESEJ é organizado por uma das três federações do Sul. Em 2015, pela primeira vez, o ESEJ está sendo organizado unindo forças das três federações do sul do país: FEJEPAR, FEJERS e FEJESC.